Der Grundbau des Klostergebäudes ist spätgotisch. Er bildet ein 78 Meter langes symmetrisches Quadrat mit spätmittelalterlichem Innenhof, geprägt von runden Kreuzgangfenstern. Herausragende Querbauten erinnern an die geplante Kirche und weitere Teilgebäude, die jedoch nie gebaut wurden. Der riesige quadratische Rasenplatz an der Westseite wird von barocken Pavillons und einem Wegnetz dominiert. Das leicht abseits liegende Pächterhaus wird auf das 16. Jahrhundert datiert. Durch die lange Bauzeit und die unzähligen Renovierungen in verschiedenen Epochen wird Mariaberg vom spätgotischen und barocken Stil geprägt und blieb dieser Linie auch treu. Ein Beispiel für die vermischten Baustile ist das 1777 erbaute Nordportal, das bis heute als Haupteingang dient. Das üppige Portal mit den beidseits verlaufenden Treppen ist typisch für den Barock. In der Detailverzierung sind jedoch schon klassizistische Einflüsse sichtbar.
Auch der Reichtum an Steinmetzarbeiten ist einzigartig: Ein striktes ikonographisches Programm von Schlusssteinen ziert den Kreuzgang und das Refektorium. Die Masswerkfenster unterscheiden sich fast alle voneinander, viele der ursprünglichen Konsolsteine sind noch erhalten. Der Kapitelsaal, der während drei Jahrhunderten als Kapelle diente, trägt eine reiche Ausmalung aus den 60er-Jahren des 16. Jahrhunderts. Im Obergeschoss kamen während der Renovation in den 70er-Jahren des letzten Jahrhunderts die Stützen und Wandgemälde des ehemaligen äbtischen Empfangssaales zum Vorschein. Sie stammen aus der Zeit um 1540.
Bemerkenswert sind die Deckengemälde und Stukkaturen der ehemaligen äbtischen Gemächer, die in der letzten Phase der Abtei St.Gallen, Ende des 18. Jahrhunderts, entstanden. Der Dachstock – vollständig in Holz ohne Eisennägel ausgeführt – stammt fast vollständig aus der Bauzeit.