Mitte des 16. Jahrhunderts zeichnete sich allmählich der Wunsch nach einer theologischen Bildungsanstalt in Rorschach ab. Abt Bernhard Müller prägte die Bildungsgeschichte nachhaltig, als er 1624 auf Mariaberg eine Klosterschule mit Gymnasium gründete. Bald wurde sogar ein Theologiestudium angeboten. In Konstanz und Feldkirch wurde kurz darauf je eine Jesuitenschule eröffnet, die eine harte Konkurrenz darstellte und die Klosterschule 1699 verdrängte. Durch die Schliessung wurde die gesamte Bildung in der Ostschweiz einen Schritt zurückgeworfen. Die Klosterschule wurde gut siebzig Jahre von bedeutenden Gelehrten und grossen Barockdichtern getragen.
Nachdem die Bildung auf Mariaberg durch den zweiten Villmergerkrieg beinahe vergessen gegangen war, durchlief das Kloster Mitte des 18. Jahrhunderts eine beeindruckende Barockisierung. Die ganze Region um Rorschach erlebte zu dieser Zeit einen wirtschaftlichen Aufschwung. 1798 brach die alte Eidgenossenschaft zusammen und Mariaberg wurde kurz darauf erneut von einem Krieg heimgesucht. Das Kloster war überfüllt mit verwundeten und sterbenden Besatzungsmännern der französischen und österreichischen Armee. Am 8. April 1805 gab die Fürstabtei St.Gallen die Regierung über den Kanton und die Klosteranlage Mariaberg ab. Alles was zu Mariaberg gehörte, wurde verweltlicht. 1840 kaufte die Ortsgemeinde Rorschach die gesamte Anlage auf.
In den folgenden sechzehn Jahren wurde der Barockbau zweckentfremdet. Die kunstvoll ausgearbeitete Kapelle wurde von evangelischen Gläubigen für den Gottesdienst benutzt und im Nordflügel befand sich ein Tabaklager.